Pada awalnya Madrasah Aliyah Negeri Bintuhan merupakan Madrasah Aliyah Swasta GUPPI Bintuhan yang didirikan pada tahun 1990 sampai dengan tahun 1997, seiring dengan perjalanan Madrasah pada tahun 1997 dialihfungsikan dari Madrasah Aliyah Swasta GUPPI Bintuhan menjadi Madrasah Aliyah Negeri  BIntuhan sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 107 Tahun 1997 tanggal 17 Maret 1997 tentang Pembukaan dan Penegrian Madrasah sampai dengan sekarang..

Adapun kepemimpinan Kepala dari  Madrasah Aliyah Swasta GUPPI s.d Madrasah Aliyah Negeri Bintuhan adalah sebagai berikut :

1. Sabri Abd. Latif, S.Pd.I 1997- 2000
   
2. Drs. M. Basyir Amsyi    2000 - 2003
   
3. Drs. Z. Basri Sulaiman  2003 - 2005
   
4. Drs. Salamudin 2005 -  2007
   
5. Muhammad Nasir, S.Pd 2007 - 2014
   
6. Widodo, M.Pd Agustus 2014 - 2018
7. Ahmadi, M.Pd 2018 - November 2020
8. Muflihah Fithriani, S.Ag., M.Pd.I Desember 2020 - Sekarang